甲状腺穿刺会有一些副作用。具体副作用如下：
1、可能会疼痛。甲状腺细针穿刺引起的疼痛虽然轻微，但由于一定的心理障碍，患者会感觉疼痛非常严重。
2、流血，侵入性细针穿刺可能导致出血。比如在进行甲状腺细针穿刺时，由于甲状腺组织比较脆弱、较薄，穿刺后可能容易出血，出血后也非常容易感染，所以这是临床上比较常见的副作用之一。
3、甲状腺细针穿刺的副作用也要考虑准确性。例如，小于1cm的甲状腺结节在穿刺时经常定位不准确，这可能导致错误或无法检查所需的病理结果。