甲状腺引起甲减，游离甲状腺激素偏低，需补充甲状腺激素。垂体瘤、炎症、损伤引起的游离甲状腺激素减少需要原发疾病的治疗，同时补充剩余垂体激素同时补充左甲状腺激素纠正游离甲状腺激素下降。
此外，某些严重疾病等生理因素会使身体出现代偿性，低T3综合征游离甲状腺激素水平也会下降不需要治疗。治疗原发疾病，原发疾病恢复后，低游离甲状腺激素恢复正常。一些女性在妊娠晚期游离甲状腺激素下降。医生检查碘的摄入是否不足和是否缺铁。此外孕晚期甲状腺激素的检查单多在正常范围内，孕期并不是特异性结果，可能比非孕期表现低值，但实际上是生理变化，不需要特殊治疗。