甲状腺是内分泌主要腺体之一，甲状腺内分泌科以甲状腺疾病诊治为主，主要包括甲状腺肿、亚急性甲状腺炎、桥本甲状腺炎及其余自身免疫性甲状腺疾病等各种急慢性甲状腺炎症。
目前最常见的是甲状腺功能亢进、甲状腺功能减退症；甲状腺癌术后，TSH抑制治疗需要甲状腺内分泌系统调整；部分无产科内分泌的医院，甲状腺内分泌科还兼诊治妊娠期甲状腺疾病。