桥本甲状腺炎病因尚不完全清楚，一般认为与以下因素有关：
第一、遗传的原因、桥本甲状腺炎有一定的遗传倾向，且有自身免疫性疾病家族聚集现象。
第二、自身免疫的原因、被认为与桥本甲状腺炎的发病和自身免疫存在问题直接相关。桥本甲状腺炎的特点是血中存在较多甲状腺过氧化物酶抗体、甲状腺球蛋白抗体及甲状腺微粒体抗体等甲状腺相关抗体。
第三、感染、感染学说认为桥本甲状腺炎是病毒感染，人体间接诱发甲状腺细胞的特殊表达，引起抗原的产生，引起大量甲状腺细胞的破坏。桥本甲状腺的发生，可能是病毒及其代谢产物甲状腺和自身免疫三者相互作用的结果，并不是由单一因素决定的。