甲状腺术后最明显的并发症是甲状腺功能减退，需要甲状腺激素替代治疗。
甲状腺手术损伤喉返神经，可导致声音嘶哑。严重者双侧喉返神经均受影响，甚至影响吞咽，导致生活质量明显下降。损伤甲状旁腺可能出现低钙、惊厥等一系列甲状旁腺功能减退症状，需要及时补充钙和维生素d等维持患者生活。由于技术水平逐步提高，目前甲状腺术后并发症减少。