新生儿甲状腺功能减退症缺乏临床症状和生命体征特异性。
初期症状有嗜睡、活动少、动作慢、反应慢、少哭、声音嘶哑、喂养困难、无力吸吮、肌张力低、腹胀、脐疝、胎粪排出延迟好、便秘多、生理性黄疸持续时间下降皮肤苍白，经常鼻塞，口唇发绀，呼吸暂停，粘液水肿。发际低，前额角窄，眼距宽，眼皮厚，眼裂小，鼻梁低扁，嘴唇厚，舌大宽常伸出口外，四肢短手掌方，手指粗短。