硒酵母有助于某些自身免疫性甲状腺炎患者降低抗体，但硒酵母不能作为甲状腺疾病必需的药物治疗。
人体含有14-21mg硒，成人每天需要的量为30-50g。硒以硒半胱氨酸的形式参与了多种重要的硒蛋白组成，硒可以调节碘甲状腺原氨酸脱碘酶的激活和失活。因此，硒有助于调节甲状腺激素水平，维持机体生长、发育、代谢的重要途径。
也有研究表明，使用硒酵母后，对自身免疫性甲状腺炎中的桥本甲状腺炎，有降低抗过氧化物酶抗体或微粒体抗体的作用。但使用后并未在临床上带来明显益处，而且发现硒酵母的使用对弥漫性甲状腺肿伴甲状腺功能亢进、轻度甲状腺功能亢进的突眼有一定的治疗作用。