甲状腺结节伴有疼痛很有可能是这两类原因，如下：
1、非常有可能是良性囊性结节。突然发生囊内出血，囊内出血可能引起疼痛。
2、甲状腺结节上合并甲状腺炎，甲状腺炎引起疼痛。甲状腺结节大多不疼痛，但甲状腺结节多表现为无痛性结节，无论是良性还是恶性，很少引起疼痛。疼痛时，需要考虑甲状腺引起的其他疾病。甲状腺炎经常引起疼痛。