甲状腺素的副作用有多汗，情绪变化，战栗和睡眠困难等。最常见的副作用之一是甲状腺功能异常，尤其是甲状腺功能减退(甲减)。
甲状腺素是一种荷尔蒙替代疗法药物，身体对它通常有比较好的宽容度。发生副作用一般都与过量使用有着重要的关系。在刚开始用药期间可能会引起脱发，但这只是暂时性的副作用。严重的就如上面的出很多汗，睡不着等。