桥本甲状腺炎的主要危害如下：
1、患者自身免疫异常可能导致体内淋巴细胞攻击自身甲状腺组织，引起甲状腺滤泡细胞增殖、破坏等自身免疫反应，继而发生细胞变性、萎缩。最初，自身免疫导致甲状腺滤泡增殖，甲状腺激素分泌增加，滤泡细胞破坏后许多激素释放到血液中，导致桥本氏甲状腺炎合并甲状腺功能亢进。
2、由于自身免疫一直存在，随着时间的推移，甲状腺滤泡细胞会发生凋亡、体积缩小、甲状腺总体体积缩小等其余的变化。此时甲状腺激素分泌功能下降，表现为桥本氏甲状腺炎合并慢性甲状腺功能减退。