桥本炎目前尚无根治方法，主要针对甲状腺大小和甲状腺功能异常进行对症治疗。
甲状腺功能正常、甲状腺小、无明显压迫症状，可随诊观察，每半年至1年进行甲状腺激素水平和甲状腺超声检查。肿胀的甲状腺压迫邻近脏器或影响美观时，建议服用甲状腺激素使甲状腺缩小，大多数病例最终引起甲减，早期给药治疗恢复较好。桥本甲状腺炎患者出现甲状腺功能下降时，可用左甲状腺激素替代治疗，从少量开始，逐渐增多，定期复查甲状腺功能，有助于根据结果调整药量。桥本甲状腺炎引起甲减的情况下，患者请勿随意停药。