先天性甲状腺减退的治疗可分为以下三个步骤：
第一步，为了检查病情、详细病史和体格检查，医生可能请儿科内分泌专家会诊，复查血清促甲状腺激素和血清游离T4和T4，进行甲状腺超声检查和甲状腺扫描。
第二步，药物治疗，一经发现应及时、尽快使用左甲状腺激素治疗。另外，建议在医生的指导下，按照医嘱，根据要求，空腹服用。
第三步，监测病情，复查游离甲状腺激素T4、总T4和促甲状腺激素。初次治疗2-4周后6个月龄内婴儿每1-2个月复查一次，6-3岁婴幼儿每3-4个月复查一次。从3岁到生长发育停止，每半年至1年复查一次。