甲状腺结节囊肿是甲状腺实性结节的囊性改变导致的。
而甲状腺实性结节多来源于结节性甲状腺肿，又称单纯性甲状腺肿或地方性甲状腺肿。该病发生经历了增殖期、胶质潴留期和结节期三个阶段，增殖期时人体内甲状腺激素合成和分泌不足，负反馈使垂体分泌更多促甲状腺激素，使甲状腺增殖、肿大，以满足人体需求。胶质贮存期时大量甲状腺球蛋白贮存于腺体内，待碘化合成甲状腺激素，因缺碘而止于此。结节期时患者长期甲状腺肿大，引起组织间受压、局部萎缩纤维化，腺体分离形成结节，结节性中央因血液循环不良退变，从而形成囊肿。