自身免疫性甲状腺疾病是免疫系统在保护甲状腺时会误伤甲状腺。
免疫系统应该会保护人体，自身抗体的出现越来越容易引起甲状腺自身免疫性疾病。此外，这些抗体的出现意味着出现了自身免疫性炎症，自身抗体如促甲状腺激素受体抗体，被称为弥漫性甲状腺肿合并甲亢，是一种非常常见的自身免疫性甲状腺疾病，表现为甲状腺合成分泌甲状腺激素增加、高代谢、甲状腺肿、甲状腺相关眼病。此外，桥本氏甲状腺炎，以及产后甲状腺炎等自身免疫性甲状腺炎，同时自身免疫性甲状腺疾病可能形成自身抗体，损伤其余细胞和脏器。