甲状腺过氧化物酶抗体是自己的免疫系统，对身体甲状腺过氧化物酶，视其为外来敌人进行攻击，产生抗体。
如果检测到抗甲状腺过氧化物酶抗体水平高，临床上可能是桥本甲状腺炎，也是自身免疫性甲状腺炎的一种。抗过氧化物酶抗体是自身抗体，甲状腺要正常工作，就需要过氧化物酶帮助甲状腺激素的合成。甲状腺激素的原料是碘，碘在转化为甲状腺激素的过程中不能分离过氧化物酶。抗体形成时，抗体并不直接损伤甲状腺，但表现为自身免疫存在的炎症。