亚急性甲状腺炎可以用药物治疗。
常用抗炎镇痛药物及糖皮质激素类药物；此外还需要对症治疗，主要针对甲状腺功能亢进期及加减期出现的症状进行治疗。疼痛症状明显者，以对症治疗、抗炎镇痛为主，一般采用非甾体类抗炎药控制症状。使用非甾体类抗炎药后，颈痛症状无明显缓解，同时伴发热，需用糖皮质激素治疗。激素治疗也不能缩短其病程，症状好转后可减重停药到底。