甲状腺抗体是免疫系统对甲状腺自身成分产生的自身抗体，经常测定的包括甲状腺球蛋白抗体、甲状腺微粒体抗体和促甲状腺激素受体抗体。
在甲状腺激素生产过程中，甲状腺需要使用甲状腺球蛋白作为生产线，碘有机化合成甲状腺激素也需要甲状腺微粒体。免疫系统如果不认识甲状腺球蛋白和甲状腺微粒体，就会自认为是敌人而发生反应，通过自身免疫反应产生自身抗体。