抗甲状腺过氧化物酶抗体是甲状腺组织自身的抗体，与甲状腺组织免疫损伤密切相关。
甲状腺过氧化物酶是甲状腺工厂合成、分泌甲状腺激素最重要的酶，免疫系统保护甲状腺时，如果不了解甲状腺过氧化物酶，就会误伤自己，产生甲状腺过氧化物酶抗体。这种抗体的产生意味着体内出现了自身防御反应，这种抗体本身不会伤害甲状腺，但通过测定甲状腺过氧化物酶抗体，可以帮助诊断自身免疫性甲状腺疾病，如桥本氏甲状腺炎和自身免疫性甲状腺疾病。其余的自身免疫性甲状腺炎也对毒性弥漫性甲状腺肿有用。