甲状腺微粒体抗体是甲状腺的自身抗体之一。
甲状腺微粒体抗体是由甲状腺微粒体抗原刺激产生的。甲状腺微粒体抗原存在于甲状腺上皮细胞胞浆内，是补体结合的免疫球蛋白。在某些因素的刺激下，甲状腺微粒体抗原进入血循环后会形成特异性抗原，产生甲状腺微粒体抗体。近年来，甲状腺微粒体抗体被认为是甲状腺的过氧化物酶抗体。甲状腺微粒体抗体普遍存在于自身免疫性甲状腺疾病中，在许多自身免疫性甲状腺炎的诊断中，甲状腺微粒体抗体的阳性检出率高于甲状腺球蛋白抗体。