单纯甲状腺炎，若不伴甲状腺功能亢进或甲状腺功能下降，则与自身免疫性抗体升高相关，称为桥本甲状腺炎、亚急性甲状腺炎等自身免疫性甲状腺炎。这些都是自身免疫性甲状腺炎，可以吃保护甲状腺的药。最常见的是硒化酵母片。
亚急性甲状腺炎，常引起甲状腺局部疼痛，颈或头部其余部位有放射性疼痛。这种疼痛多伴有轻中度发热，也应对症治疗。清热解毒抗炎的药物，一般可为非甾体类药物，清热解毒的抗病毒中药也可综合治疗。甲状腺炎主要是甲状腺保护治疗和一些对症治疗，病毒性感染甲状腺炎有一定的自身局限性，无特殊方法，治疗时间为3个月至半年左右。