儿童糖尿病的原因目前尚不十分清楚，涉及种族、环境、生活方式、饮食、感染等多种因素。
患有自身免疫性疾病，往往会产生攻击胰岛细胞的抗体，引起糖尿病。这些患者还多患有其余免疫性疾病，如甲状腺功能亢进症、桥本甲状腺炎等。此外，糖尿病与遗传关系较大，遗传易感性非常明显。研究表明，环境因素也有关系，其中主要与病毒感染有关，有柯萨奇病毒、巨细胞病毒等，且多与此相关。乙型病毒、流行性腮腺炎病毒、风疹病毒的感染也能引起糖尿病。糖尿病也会影响年龄和出生体重。主要是上述原因导致胰岛细胞数量明显减少，胰岛呈纤维化和萎缩，诱发儿童糖尿病。