硫酸氨基糖使用不当或过量会引起轻度恶心、便秘、腹胀等消化道症状。有些患者会出现皮肤过敏反应，如皮肤瘙痒和皮疹。
另外，由于可以抑制胰岛素分泌，糖尿病患者要慎重使用。硫酸氨基葡萄糖是蛋白质寡糖合成的重要物质，刺激软骨细胞产生糖原，抑制胶原酶和卵磷脂酶A2对关节软骨的损伤。建议在医生指导下服药，掌握好剂量，一般不会引起不适。