失眠主要是与精神相关的疾病，通常不容易通过核磁共振检查。如果没有器质性疾病引起的失眠，可以通过核磁共振判断。
大多数失眠神经症是由于过度疲劳、精神压力、或者日常生活的不适、不良生活习惯造成的。例如，睡觉前进行剧烈运动或长时间压力过大，焦虑和抑郁症患者可能会出现明显的失眠。对于这种患者的失眠，通常磁共振无法查明原因，但也有脑瘫的一些器质性病变，如脑垂体瘤或颅内肿瘤占位、头痛等。