失眠的生理因素可能是疾病。
引起失眠的各种全身性疾病，如循环系统的冠心病、消化系统的肠炎、呼吸系统的肺心病、中枢神经系统的脑损伤和脑梗塞、泌尿系统的慢性肾功能衰竭、运动系统的关节炎、皮肤过敏等。可能会因这些疾病引起的不适、疼痛、瘙痒而导致失眠。还有和睡眠有关的疾病，比如呼吸暂停综合征，睡眠的周期性运动等等。呼吸暂停综合征是指患者睡眠中出现间歇性、短暂的呼吸中断，从而导致失眠。