眼部扁平疣和脂肪粒的区别如下：一、病因不同，扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的疾病，脂肪粒是因为皮脂腺导管角化，皮脂分泌堵塞造成的；二、临床表现不同，扁平疣主要表现为扁平的丘疹，颜色为淡褐色，脂肪粒为圆形的丘疹，颜色为淡黄色或乳白色；三、传染性，扁平疣具有传染性，脂肪粒没有传染性；四、治疗方法不同，扁平疣可以采用激光、冷冻、外涂药膏进行治疗，脂肪粒一般是用针挑破，挤出脂肪颗粒，也可以用二氧化碳激光治疗。