不同种类的扁平疣的特点有寻常型扁平疣，表皮有角化不全和角化过度，颗粒层可增厚，乳头瘤样增生，真皮乳头增宽，呈外向型生长，扁平型扁平疣，表皮增厚，表皮浅层常有许多纤维血管性核心，表皮细胞明显空泡化，可见角化不良细胞，不规则形扁平疣，棘层增厚，表皮脚延长分支、不宽，形态不规则，表皮突有切迹，真皮乳头增生不规则，表皮内可见不同程度的凹空细胞等。