不典型的生殖器疱疹又称亚临床型，有报道可占感染者的50％－70％，较难识别，有时仅现象为包皮、龟头、大小阴唇上的细微裂口、表浅糜烂，甚至是局限性红癍，除皮疹不典型外，部位也不典型，如有的在肛门四面、臀部骶尾部、会阴部、甚至下腹部。由于症状或部位的不典型易被忽略，耽搁了就诊时间也成为该病的主要传染源。