肛尖锐湿疣的疣体颜色从粉红到灰白色，这主要取决于单个乳头毛细血管的充亏形态。疣体的大小不等，量地大都较软。好发部位是冠状沟、包皮、龟头、系带、尿道口、阳茎体、肛周和阳囊。乳头样或菜花样疣次要发生于湿润部位，如包皮腔、尿道口和肛周。方形丘疹疣次要位于干燥部位，如阳茎干及无毛的会阳部，颜色可呈肤色或无色素沉灭。