一般情况下，月经第三天同房不会妊娠。
同房是否妊娠通常由三方面因素进行判断，一方面是女方是否会在近期排卵，另一方面是是否有精液进入阴道，精液是否正常，第三个方面就是女方的输卵管是否是通畅的，有没有梗阻。排除精液和输卵管的问题，单纯从排卵的角度来考虑，来月经的第三天处于卵泡期，此时通常不会排卵，相对来说处于安全期，所以月经第三天同房一般不会妊娠。