功能性下丘脑闭经的患者可以使用药物进行治疗。如果生育愿望比较强烈，可以通过促排卵治疗来促进怀孕。诱导排卵的药物有尿促性素、溴隐亭、氯米芬等。功能性下丘脑闭经是由于下丘脑功能障碍分泌促性腺激素释放激素减少，对没有生育要求的患者而言，如果没有症状是不需要进行治疗的。如果患者症状比较明显，可以通过补充外源性的雌激素和孕激素来治疗，常用药物有屈螺酮炔雌醇片屈螺酮炔雌醇片(Ⅱ)。