一般情况下，停经40天B超未见孕囊是否正常，要根据具体情况进行分析，可能是正常的，也可能不正常。具体内容如下：
1.正常：如果女性体内，精子和卵子结合的时间比较晚，受精卵进入子宫内生长并发育的时间也较晚，停经40天时B超未见孕囊是比较正常的，不用过于担心，建议停经7周左右再复查超声。
2.不正常：停经40天B超未见孕囊也存在不正常的可能，也许是女性并未成功怀孕，或者出现了异位妊娠的情况，建议女性及时就医检查，以免影响身体健康。