通常情况下，月经第三天查性激素六项属于经期。具体情况分析如下：
正常情况下是在月经来潮的第三到五天去医院抽血检查性激素六项，通常这个时间段属于经期，经期人体内的激素水平波动较小，比较稳定，往往可以较为准确反映身体内的内分泌的情况，如果月经结束后再去检查性激素六项，体内的激素水平迅速上升，可能会出现误差，影响到检查结果。