一般情况下，如果孕囊比较大或女性子宫收缩乏力，可能导致药物流产流不干净。
通常，药物流产在3天的时间里吃米非司酮片以及米索前列醇片来终止妊娠。如果孕囊比较大、女性子宫收缩乏力，有一定的可能导致药物流产流不干净。服用药物后，女性需要再配合生化颗粒、益母草颗粒等活血祛瘀的药物进行调经处理，从而促进宫腔妊娠物排干净。在药物流产后的两周应该复查B超，如果宫腔残留物比较多，需要尽早清宫处理。