人工流产第五天肚子疼腰疼是急性腰腹部扭伤、流产不全等原因。具体分析如下：
人工流产第五天时肚子痛腰痛，要考虑是否为急性腰腹部扭伤，也很可能会导致腰痛和腹痛的症状，患者要注意多休息。也要考虑是子宫腔内残留胚胎组织，流产不全导致的，刺激子宫内膜，就很可能会出现不适症状，建议患者去医院检查，及时清宫手术来清除残留物。