通常情况下，54岁了停经两年又来了不是月经又来了，而是患者出现了不规则出血的情况，患者可能患有妇科疾病。具体情况分析如下：
患者月经停了两年，一般是因为卵巢功能衰退导致的，而患者如果患有妇科疾病，比如盆腔炎、宫颈炎等疾病，患者一般会出现不规则出血、下腹部疼等症状，因此54岁了停经两年又来了不是月经又来了，可能是妇科疾病导致的，患者需要到医院进行检查明确到底是什么情况导致的，再针对性进行治疗。