一般来说，巴氏腺囊肿通常会长期存在，如果没有明显症状，建议以观察为主；如果囊肿较大，影响了正常生活，可以考虑可以行囊肿造口术，可以通过使用二氧化碳激光造口术进行治疗，而且造口之后最好放置引流条，同时建议在医师指导下使用碘伏进行每天冲洗，防止术后粘连。如果出现脓肿，则需要尽早切开引流，以缓解疼痛。
建议患者保持局部卫生清洁，如果有感染，可以选择使用喹诺酮类、头孢菌素等药物进行治疗。