一般情况下，月经12天了还没干净可能会不孕，也可能不会，需根据患者的实际情况来判断。
月经12天了还没干净可能是月经淋漓不断的病情，如果患者在月经期间不注意保暖，会导致宫寒，从而可能会发生这种情况，患者可以在医生的指导下使用益母草颗粒进行治疗，一般可能不会导致不孕；如果月经12天了还没干净是因为妇科疾病引起的，如输卵管炎、子宫内膜炎等，建议患者及时去医院就诊，查明病因后对症治疗，这种情况下可能会影响受精卵的输送或着床，从而可能会导致不孕。