一般情况下，停经90天后才查到怀孕可能与着床晚、月经不调等因素有关。
通常情况下，精子与卵子结合形成受精卵着床到子宫后7天开始分泌人绒毛膜促性腺激素，那么再过7天就可以检测出来，受精卵着床晚可能就会出现停经90天后才查到怀孕的症状。除此之外，月经不调可能会对排卵造成影响，就有可能出现停经90天后才查到怀孕的症状。建议孕妇定期进行产前检查，从而维护机体以及胎儿的健康。