如果患者的卵巢囊肿是恶性的，则CA125值通常会升高，但良性的卵巢囊肿，一般则不会导致CA125值升高。
CA125值是一种肿瘤标志物，但不可仅凭此就将其用于诊断肿瘤，在某些良性疾病中，CA125值也会升高。CA125值一般观测卵巢癌患者的术后检查，如果患者在术后，CA125值水平降至正常，复查时又出现重新升高的现象，则表明患者可能出现复发的情况。