始基子宫的病因尚未明确，可能和基因因素有关，多少是因为两侧副中肾管会合后不久即停止发育所致。
一般情况下，胚胎在第7周两侧苗勒氏管中段及尾段开始合并形成子宫，始基子宫是两侧苗勒氏管中段和尾段汇合后不久即停止所致。苗勒氏管的发育、融合和中隔吸收源于多基因、多因素的遗传作用结果，目前对该领域的基础研究尚不够深入，资料有限，有待于进一步的探索。