怀孕三个月不能做无痛人流，因为b超可以看到胎儿颅骨已经形成，四肢骨骼已经形成。
如果做无痛人流，骨头可能会穿过子宫造成子宫穿孔，所以危害比较大。这种情况下，如果想终止妊娠，可以选择药物流产和无痛刮宫。具体方法是将药物塞入阴道后穹窿诱发子宫收缩，使子宫口扩大，使妊娠产物排出宫腔，然后给予无痛刮宫手术，达到终止妊娠的目的。