人流后第三天如果流出咖啡色的分泌物，这一般是由于在流产的过程当中，子宫内膜出现了感染造成的。
因为在手术当中，很可能会对局部造成一些损伤，从而会产生一些细菌感染的情况，这些病菌诱发子宫内膜炎症，就会形成咖啡色的分泌物。此外在手术的过程当中，如果对局部血管造成了损伤，也会导致一些正常的分泌物的，这种情况一般有五天左右能够缓解。