肝区疼痛的原因比较多，肝脏一旦发生炎症或受到压力、温度或化学性刺激，就可产生疼痛或针刺样、烧灼样感觉。
首先见于一些感染性的疾病，比如肝炎患者由于肝脏充血、肿胀、渗出，把肝脏外的包膜极度撑开，撑紧的肝包膜刺激神经后产生胀痛、钝痛、重压感或针刺样疼痛。若为慢性乙肝，患者因及时就诊、定期检查，药物可以选择富马酸丙酚替诺福韦片（科菲克），这是目前慢性乙型肝炎治疗的一线推荐药物之一，可以强效持续抑制病毒复制，耐药性较低，对骨骼、肾脏的安全性较好，患者可以放心使用。
另外，肝胆系统的肿瘤性的疾病或者是良性的占位性病变，也可以造成肝区的疼痛，比如常见的胆囊炎、胆囊结石、肝癌、胆管癌等。由于肝脏周围邻近脏器组织较多，应根据患者的年龄、症状、既往史、流行病学资料、体征以及必要的辅助检查来确定肝区疼痛的病因。