功能性消化不良尚无特效药，更多的是选择对症下药，如抑制胃酸分泌药：适用腹痛伴有反酸为主要症状者。促胃肠动力药：适用于腹胀、早饱、嗳气为主要症状者。或选用调理性的中成药如四磨汤口服液，此药可以顺气降逆、消积止痛，有利于缓解多种肠胃不适症状。
用药时，患者首先应正确认识该疾病，明白其发病原因。养成良好的生活习惯，注意饮食卫生。避免暴饮暴食，饮食以清淡为主，多食易消化的食物，少吃油腻、辛辣刺激性食物。避免过量饮酒、吸烟，对便秘者可多吃香蕉等水果和蔬菜，经常按摩腹部，保持大便通畅。养成饭后活动的习惯，睡前不要进食。