功能性消化不良会引起便秘。同时还会伴有打嗝，嗳气以及口臭。
消化不良会导致肠胃的蠕动功能相对减弱，蠕动速度变慢，使食物在肠道停留时间延长，导致肠壁细胞过度的吸收食物残渣中的水分，引起粪便性质干燥，长期下去就会导致便秘的发生。建议饮食清淡，多喝水，多吃蔬菜和水果，补充维生素，适当进行运动，不要熬夜。尤其注意不要吃过度辛辣刺激和油腻的食物，不要吃太硬不易消化的食物，不要吃太冷的食物。一定要保持规律作息，养成良好的饮食习惯。
也可以在医生指导下服用四磨汤口服液等药物来进行调理，此药有顺气降逆、消积止痛的功效，可以很好的缓解肠胃不适症状，如腹胀、消化不良、腹痛、便秘等。