卵巢囊肿会影响生育主要表现在会使已怀孕的女性产生妊娠不良的现象。
卵巢囊肿在早孕时可能引起流产，中期妊娠时则易发生卵巢囊肿蒂扭转，晚期妊娠囊肿较大者可导致胎位异常，分娩时可能阻塞产道引起难产。妊娠期盆腔充血，可使肿瘤迅速增大甚至有引起恶变的可能，所以，在妊娠前进行手术比妊娠手术更有好处。如果已经怀孕了，那么卵巢囊肿手术在16-24周时进行最为合适。手术本身并不会影响胎儿的发育，但如果在妊娠期12周内进行手术则容易导致流产，而妊娠晚期进行手术也比较困难，同样容易引起流产。