怀孕12周有褐色分泌物可能是阴道炎等妇科炎症的原因，也可能是先兆性流产。
怀孕后身体的免疫功能会降低，增加病毒感染的风险，从而引起阴道炎等妇科炎症，出现怀孕12周有褐色分泌物的情况，但如果过度劳累，胚胎发育不稳定，导致先兆性流产，也容易出现有褐色分泌物的现象。
通常需要及时到医院做腹部彩超检查，避免是先兆性流产的因素。