巧克力囊肿可以怀孕的，但是会对怀孕产生一定影响。
巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，该病的患者盆腔内器官和组织广泛粘连和输卵管蠕动减慢，会导致卵子排出、摄取和受精卵运行异常，从而易发生不孕，不孕率约为40%，所以不是所有患者都不能自然受孕，对于这部分患者，轻度患者先行药物治疗，病变较重者行保守手术治疗，在治疗后可提高妊娠率。仍不能受孕者，还可就诊于生殖医学科采用辅助生育技术帮助患者实现生育愿望。