怀孕期间肚子疼腰疼的原因如下：
一、泌尿系统疾病：怀孕期间，孕妇不良的生活习惯和卫生习惯，饮水过少，外阴部位清洁不良，会导致病原微生物逆行感染引起尿道炎、膀胱炎，或患尿石症，引起腰痛、胃痛等症状。
二、盆腔炎：盆腔炎也是孕期腰疼、胃痛最常见的原因之一。孕妇通常会伴有阴道流出黄色或脓性分泌物、阴道瘙痒等症状。
三、先兆流产、早产：疼痛呈规律性，间歇性疼痛，并逐渐加强，伴有明显地坠感。