怀孕了输卵管囊肿，可以根据囊肿的大小来选择处理方式：
1、如果囊肿体积较小，并且没有压迫子宫，不影响正常妊娠的发展，可以选择保守治疗，暂时观察，待妊娠结束或者是行剖宫产结束分娩时一并治疗。
2、如果囊肿体积较大或者是发生了破裂扭转等，则不建议保守治疗，应该及时采取手术治疗，否则容易引起患者出现流产、早产等风险。